Saint-Aignan appartient aux comtes de Blois et ne devient une seigneurie particulière que lorsque Eudes II de Blois, petit-fils de Thibaut le Tricheur et successeur de son frère aîné Thibaut II mort en 1004, le concède vers 1027, en tant que fief, à Geoffroy de Donzy pour le remercier de son soutien dans la lutte contre les comtes d’Anjou. Geoffroy y fait bâtir un donjon.
En 1137, lors du siège de Saint-Aignan par Foulque Nerra, comte d’Anjou, Geoffroy est fait prisonnier et meurt dans des circonstances non élucidées. Son fils Hervé lui succède et Saint-Aignan est ensuite resté en possession de sa descendance.
- Geoffroy de Donzy (fils de Geoffroy de Semur et de Mathilde de Chalon, 987-1037), baron de Donzy (1016-1037) et seigneur de Saint-Aignan (vers 1027-1037).
- Hervé de Donzy (fils de Geoffroy, vers 1110-après 1055), baron de Donzy et seigneur de Saint-Aignan (1037-1055).
- Geoffroy (II) de Donzy (fils de Hervé, vers 1040-1112), baron de Donzy (1055-1097), excommunié pour s'être emparé de la terre épiscopale de Varzy en 1095, il part en croisade en 1196.
- Hervé (II) de Donzy (second fils de Hervé de Donzy, vers 1055-1120), baron de Donzy et seigneur de Saint-Aignan (1097-1120).
- Geoffroy (III) de Donzy (fils de Hervé et de Mahaut de La Ferté Milon, vers 1105-1158), baron de Donzy, comte de Gien, et seigneur de Saint-Aignan (1120-1158).
- Hervé (III) de Donzy (fils de Geoffroy, 1130-1187), baron de Donzy, comte de Gien, et seigneur de Saint-Aignan (1158-1187).
- Hervé (IV) de Donzy (fils de Hervé et de Mathilde Gouët de Montmirail, vers 1175-1222), baron de Donzy, comte de Gien, et seigneur de Saint-Aignan (après la mort de ses frères aînés Guillaume « Gouët » de Donzy en 1191, et Philippe de Donzy en 1194), seigneur de Montmirail (après la mort de son frère Renaud de Montmirail en 1205), et comte de Nevers (par son mariage en 1199 avec Mathilde « Mahaut » de Courtenay, fille de Pierre de Courtenay).
- Agnès de Donzy (fille de Hervé et de Mathilde de Courtenay, vers 1205-1225), dame de Donzy et de Saint-Aignan (1222-1225), épouse en 1223 Guy de Châtillon (†1226).
- Gaucher de Châtillon-Nevers (fils d’Agnès et de Guy de Châtillon, †1250), comte héritier de Nevers, Auxerre et Tonnerre, seigneur de Montjay, de Donzy, et de Saint-Aignan (1225-†1250).
- Yolande de Châtillon-Nevers (sœur de Gaucher, †1254), comtesse héritière de Nevers, Auxerre et Tonnerre, dame de Montjay, de Donzy, et de Saint-Aignan (1250-1254). Mariée en 1228 avec Archambaud de Dampierre, seigneur de Dampierre (1234-†1248), seigneur de Bourbon (1238-†1248).
- Mahaut de Dampierre (fille de Yolande et d’Archambaud de Dampierre, 1234-1262), comtesse de Nevers, d'Auxerre et de Tonnerre (1254-1262), dame de Bourbon (1248-1262), dame de Saint-Aignan, de Donzy, de Thorigny, de Montjay et de Perche-Gouët. Mariée en 1248 avec Eudes de Bourgogne (†1262).
- Alix de Bourgogne (fille de Mahaut et de Eudes, 1251-1279), comtesse d'Auxerre, dame de Saint-Aignan et de Montjay (1262-1279). Mariée en 1268 avec Jean de Chalon (†1309).
- Jean de Chalon se remarie en 1290 avec Marguerite de Beaujeu. Gien revient alors à Guillaume de Chalon (fils d’Alix et de Jean, †1304), comte d'Auxerre (1290-1304), seigneur de Saint-Aignan, de Montjay et de Valençay.
Toutes les monnaies de Saint Aignan sont anonymes. Les premières, au type bléso-chartrain et datant du XIème siècle ont été immobilisées jusqu’au XIIème siècle, passant progressivement de 1,25g environ à 0,90g comme c’est le cas des deniers à ce type contenus en quantité dans le trésor de Massay enfoui vers le milieu du XIIème siècle. Un second type au châtel apparait vers 1160-1190. Il semblerait que les barons de Donzy aient frappé des monnaies à Saint-Aignan jusqu’au milieu du XIIème siècle, avant que Geoffroi ne batte monnaie à Gien après 1130 et probablement après avoir obtenu le comté de l’évêque d’Auxerre. Ses successeurs auraient ensuite à nouveau frappé des monnaies à Saint-Aignan, au type du châtel.